Beim ssh Kommando gibt es den Parameter -p um einen alternativen Port für den SSH-Server anzugeben:
ssh -p=2222 example.com
Beim sftp-Kommando muss man etwas in der Manpage stöbern, um den passenden Parameter zu finden:
sftp -oPort=2222 example.com
Leider nicht sehr einprägsam. 🙁